Bendra augalijos charakteristika
Panemunių regioninis parkas apima gana siaurą juostą abipus Nemuno. Teritorija gana tankiai gyvenama, o dešine puse eina automobilių magistralė Kaunas – Jurbarkas. Natūralios augalijos ploto tokioje urbanizuotoje teritorijoje ne tiek jau daug. Daugiausia jie išlikę žemės ūkio naudmenoms netinkamose vietose, t. y. šlaituose, palei pat upelius. Ištisinių didelių miško masyvų neišlikę.
Miškai didelių masyvų nesudaro. Dažniausiai tai siauros miško juostos upelių, griovų ir Nemuno šlaituose. Šios miško bendrijos saugo šlaitus nuo erozijos. Kiek didesni miško plotai yra kairiojoje Nemuno pusėje. Prie Nykos upelio šliejasi Plokščių girininkijai priklausantys miškai, o į rytus nuo Gelgaudiškio šiek tiek platesnę juostą palei Nemuno terasos šlaitai apima Šakių girininkijai priklausantys miškai. Girininkijos ūkininkavimo zonose, ypač netoli Gelgaudiškio, pasitaiko sodintų miškų, daugiausia pušynų ir eglynų. Tačiau diduma miško bendrijų parke yra natūralios. Didžiausius plotus abiejose Nemuno pusėse šlaituose ir kur yra išlikę terasose užima normalaus drėkinimo plačialapiai miškai (liepinių skroblynų asociacijos bendrijos (as. Tilio-Carpinetum betuli)). Išlikę senesni miškai įspūdingi stambiais plačialapiais medžiais. Juose vyrauja paprastasis ąžuolas (Quercus robur), paprastasis uosis (Fraxinus excelsior), mažalapė liepa (Tilia cordata), paprastasis klevas (Acer platanoides), paprastasis skroblas (Carpinus betulus), kalninė guoba (Ulmus glabra). Vietomis pasitaiko įsimaišiusi spygliuočių (paprastoji eglė (Picea abies), paprastoji pušis (Pinus sylvestris)). Kai kur, jaunesniuose miškuose arba iškirtus vertingųjų rūšių senus medžius, susidarę tankūs paprastojo skroblo (Carpinus betulus) sąžalynai.
Gelgaudiškio apylinkes šlaituose ir terasose vietomis pasitaiko mišriųjų miškų, priklausančių striepsninių eglynų (Melico nutantis-Piceetum abietis) asociacijai. Čia medžių arduose gausiausiai auga paprastoji eglė (Picea abies) ir paprastasis ąžuolas (Quercus robur). Pasitaiko ir kitų plačialapių medžių, bet jie nedominuoja.
Pavaginėse upelių slėnių dalyse ir dalinai šlaituose įsikuria drėgnųjų plačialapių miškų bendrijos (baltalksniniai uosynai (as. Alno incanae-Fraxinetum excelsioris)). Čia medžių arduose dominuoja paprastasis uosis (Fraxinus excelsior), ir baltalksniai (Alnus incana). Kitų rūšių medžiai (kalninė guoba (Ulmus glabra), paprastasis skirpstas (Ulmus minor), juodalksnis (Anus glutinosa), paprastasis klevas (Acer platanoides), mažalapė liepa (Tilia cordata), trapusis gluosnis (Salix fragilis)) ištisinių medynų nesudaro šios miško bendrijos aukštažolės, o vietomis yra ir tankiai sužėlusių krūmų. Nedidelius plotus užima kitos drėgnųjų plačialapių miškų asociacijos – baltalksniais ir tankiu krūmų ardu (Alno incanae-Prunetum padi) bendrijos. Čia medžių arde vyrauja baltalksnių (Alnus incana), o krūmų ardas, sudarytasis paprastosios ievos (Padus avium), raudonieji serbentai (Ribes rubrum), juodieji serbentai (Ribes nigrum) ir kt. būna labai tankus. Žolinė danga gana skurdi, vyrauja paprastoji garšva (Aegopodium podagraria).
Natūralios pievos išlikusios nedideliais plotais ganomose ar šienaujamose vietose. Parko teritorijoje tokių pievų nedaug. Slėnių šlaitų pievos šiuo metu nebešienaujamos ir jose vyksta sukcesiniai procesai. Vienos pievos užauga krūmais, kitose šiuo metu veši gelsvalapė usnis (Cirsium oleraceum), krūminis builis (Anthriscus sylvestris), garbiniuotasis dagys (Carduus crispus), didžioji varnalėša (Arctium lappa), paprastoji varnalėša (Arctium tomentosum). Nemuno pavaginėje dalyje užliejamos pievos beveik visos buvo sukultūrintos. Tačiau šiuo metu jose stebimi renatūralizacijos procesai. Netoli Gelgaudiškio yra pievų su gausiai sužėlusia vaistine kraujalake (Sanguisorba officinalis).
Nemuno pavaginėje dalyje vietomis didelius plotus užima paupiniai gluosnių krūmynai (Salicetea purpurea klasė) ir smėlynų bendrijos. Čia yra pakrūmių gervuogynų su ištisiniais paprastosios gervuogės (Rubus caesius) sąžalynais ir pavieniais europiniais ožekšniais (Euonymus europaeus), karpotasiais ožekšniais (Euonymus verrucosus) ar paprastuoju sausmedžiu (Lonicera xylosteum), yra ištisai užžėlusių žoliniais augalais plotų, bet yra ir plikų smėlynų, senvagių su stovinčiu vandeniu ir palei jas augančių pavienių senų trapiųjų gluosnių (Salix fragilis) medžių.
Dešiniojoje Nemuno pusėje yra išlikę didesni plotai įspūdingų šlaitų krūmynų (šunobelinių slyvynų Rhamno-Prunetea spinosae klase) ir šlaitų sauspievių. Dygiuosiuose šlaitų krūmynuose vyrauja miškinės kriaušės (Pyrus pyraster), paprastosios obelys (Malus domestica), paprastieji skirpstai (Ulmus suberosa), dygiosios šunobelės (Rhamnus cathartica), vienapiestės gudobelės (Crataegus monogyna) ir kitų rūšių medeliai bei krūmai. Šie krūmynai yra labai tankūs ir beveik nepraeinami. Tarp dygiųjų krūmynų, jų pakraščiu bei dar šienaujamose upelių šlaituose išplitusios sauspieves (dobilynų – snaputynų (Trifolio-Geranietea sanguinei) ir eraičinų (Festuco-Brometea) klasės). Jas sudaro termofilinės ivairiarūšės, spalvingos bendrijos. Trifolio-Geranetea bendrijų foną sudaro siauralapis lendrūnas (Calamagrostis canescens), kiškio ašarėlės (Briza media), o vis spalvinę gamą sukuria besikeičiantys subdominantai vaistinė dirvuolė (Agrimonia eupatoria), paprastoji karlina (Carlina vulgaris), paprastasis raudonėlis (Origanum vulgare), šilinis dobilas (Trifolium medium), vaistinė notra (Betonica officinalis), dažinė geltė (Serratula tinctoria). Stepinėse pievose vyrauja tankiažiedis katilėlis (Campanula glorata), bestiebė karlina (Carlina acaulis), pievinė vingiorykštė (Filipendula vulgaris), ankstyvoji viksva (Carex caryophillea), didžiagalvė bajorė (Centaurea scabiosa), kalninis dobilas (Trifolium montanum), stepinis motiejukas (Phleum phleoides), paprastoji morka (Daucus carota), geltonžiedė žvaigždūnė (Scabiosa ochroleuca).
Nemažą teritorijos dalį užima dirbami laukai ir kultūrinės ganyklos bei pievos. Čia gausu stambių gyvenviečių, nemažai kaimų, dėl to pasitaiko įvairių antropogenines augalijos kompleksų, susiformavusios savitos gyvenvietėms būdingos augalų bendrijos. Kai kur pamiškėse ties kaimais ir sodybomis daugelyje vietų suvešėję ruderalinių (augančios ne sėjimuose, bet arti gyvenamųjų namų, pakelėse, prišiukšlintose vietose ir pan.) ir nitrofilinių (mėgstančių azoto gausų dirvožemį) augalų sąžalynai.