Miškuose, dėl reljefo ypatumų daug negyvos medienos, todėl daug geninių paukščių- juodųjų, žaliųjų ir pilkųjų meletų, beveik visų rūšių genių. Iš bestuburių Panemunių regioniniame parke buvo stebėti į raudonąją knygą įrašyti machaonai. Nemuno pietinėse ekspozicijos šlaitų sauspievės yra potencialių retų vabzdžių buveinė. Čia sutinkami didysis auksinukas, juodasis apolonas, gencijoninis ir kraujalakinis melsviai. Senuose, trūnijančiuose lapuočių medžiuose, aptikti marmurinis ir niūriaspalvis auksavabaliai. Nemuno ichtiofauna tiriama nuo XXIII amžiaus. Ją tyrė Kliukas, V. Severginas, B. Jundzilas, A. Pliteris, P. Terleckas, J. Zografas, K. Gaigalas, A. Gerulaitis, R. Krotas, J. Maniukas ir kiti. Nustatyta kad Nemuno žemupyje ir Panemunių regioninio parko teritorijoje žuvų rūšinė sudėtis ir gausa yra nepastovi. Ypač tai charakteringa žuvų neršto migracijos metu. Tada Nemune daugiausiai būna žiobrių. Vėlyvą rudenį ir žiemą neršti atplaukia vėgėlės. Į Nemuno intakus neršti migruoja lašišos ir šlakiai. Skersnukis vijūnas ir auksaspalvis kirtiklis yra Raudonosios knygos atstovai. Viso Nemuno baseine skaičiuojama apie 52 žuvų rūšis.